ggtree无根树及注释
最初github上用户（@JustGitting）报告说geom_hilight和geom_cladelabel不能用于unrooted树。详见：https://github.com/GuangchuangYu/ggtree/issues/118
我表示这确实是不行的，然后这就变成了feature request。我继续表示unrooted tree在ggtree中的实现并不好，我只实现了equal angle algorithm，在写注释图层之前，如果我有时间的话，我希望可以先实现更好的layout algorithm。
然后JustGitting表示，他发现python的ETE和R的ape，在无根树的可视化上好像都不太行。问我有什么unrooted的layout algorithm，有没有什么参考文献，或许他可以帮忙实现，因为他觉得ggtree是最成熟的软件。
对于这种表示可以帮忙的用户，我最喜欢了，必须提供帮助，于是我让他去看《Inferring Phylogenies》第34章，然后他表示要实现这本书第582页的equal daylight算法。过了一个月，他华丽丽地实现了equal daylight算法：https://github.com/GuangchuangYu/ggtree/pull/124。
有了这个PR之后，我继续给他指方向啊，要做个unrooted版的geom_hilight，可以用X-spline，而且可以参考ggalt::geom_encircle。然后时隔5个月，他又实现了geom_hilight_encircle和geom_cladelabel2，这两个用于无根树注释的图层，相当给力：https://github.com/GuangchuangYu/ggtree/pull/152.
上面这个简单的例子，用的就是daylight layout，这个算法的空间利用率比较高，而我们平时看到的unrooted tree是下面这样子的，点分不开，而图中空白区域又多。
而现在有了geom_hilight_encircle之后，要画下面这样的树，已经毫无压力：
这是一次非常成功的经历，JustGitting不知道unrooted tree layout有什么算法，也不知道要有什么方法可以画不规则的封闭的线/圈，我告诉他去看那本书，看某个算法，然后他死磕了一番（总共半年时间，甚至于去看Phylip的源代码drawtree.c），华丽丽地实现了他想要的功能。我体验了一把当指导者的身份，然后ggtree还增加了我没时间去实现的功能，感觉萌萌哒！